Jupyter Notebookで%%(パーセントふたつ)のマジックコマンドがSyntaxErrorで怒られる

マジックコマンドを1行目に書くと実行されます.
コメントを無効化しない,というかコメントもコードセル内なので計測対象ですよということだと思います.
ので,コメントを先頭行に書くのを諦めましょう.

 

# コードセル全体の実行時間計測

%%timeit -n 1000 -r 3

for i in range(1000):
    i * 2

とすると

File "<ipython-input-x-xxxxxxxxxxxx>", line 3
    %%timeit -n 1000 -r 3
    ^
SyntaxError: invalid syntax

とか怒られるはず.

%%timeit -n 1000 -r 3

# コードセル全体の実行時間計測

for i in range(1000):
    i * 2

個人的には気持ち悪いけれど,こう書けば動く.